一切从近未来的某一天开始，当时人工AI的机器人服务于人类生活的各个领域。
这天，一台人工AI的机器人突然爆走杀死了它的人类主人，这次事故引发了类似消灭“有狂犬病的疯狗“的运动。
人类社会对人工AI的机器人进行了蛮不讲理的“屠杀“和“驱赶“，大部分人工AI机器人被破坏。
一小部分被抛弃的人工AI机器人汇集到一个被人类抛弃的地方开始了自立的生活（大约在中东地区某地，在那个时代估计中东的石油早被开采尽了，于是就成了荒漠）.
但那个原来很渺小的利用太阳能作为动力的机器人国家迅速强大膨胀，这不可避免使之的和人类发生接触和摩擦。
在某一天的联合国大会上，两个人形的机器人大使试图使“机器国“加入联合国，但人类认为这是奇耻大辱，当场驱赶了机器人大使。
其后机器人帝国和人类国家的各种摩擦升级成全面战争，但人类的血肉之躯难以抵挡机器人的进攻，战争中人类节节败退。
输红眼的人类终于拿出终极武器“核弹“，但大规模的核爆没有能对机器人方面造成实质的毁灭，核爆后的放射污染对机器人根本无效。
机器人的强大攻势丝毫未减，已经山穷水尽的人类这时通过了一个“遮蔽天空“的战斗计划。
因为机器人的能源供应是依赖太阳能的，如果切断太阳能，机器人的能源供应就会出现短缺，转换能源供应体系不是短时间内能办到的（至少在人类社会里以上理论是成立的，但是对机器人....）
就在这个时候，发动最后的反攻一举扑灭所有机器人。
于是人类开始了这个疯狂而愚蠢的计划，没多久地球的天空被一层黑色不透光的云遮蔽。
但是人类期待的情况并没发生，出现能源短缺的机器人并没有大批的瘫痪。
他们就地取材得把战场上受伤的人类战俘当作临时“电池“
（这是MATRIX产生的最初动机，当时只是把人类简单的一排排得接在机器上，通过刺激人类的脑部使人类的身体发电，但连接在机器上的人类很快会死亡，死亡意味着电池没电，为了使电池的寿命更长久，机器人才开始研究人类的脑部，并完善了食物供应体系，使人类在连上机器后能存活更长时间）。
机器人击退了人类集中所有力量的最后反扑，在消灭了人类最后的政府后，人类所有有组织的抵抗宣告结束，人类的时代宣告终结。
其实机器人也因为人类遮蔽了天空能源出现的问题，虽然把人类战俘当电池用暂时解决了危机，但是短时间内转换能源供应体系也非易事，只有先把更多的人类当做电池来解决眼前的能源短缺。
于是大批的人类被抓去当做电池，最后几乎所有地球上人类都被当电池，可是被当作电池的人类会很快死亡。
于是已经对人类脑部有了相当了解的机器人开发出了可循环的人体电池系统，人类的脑部连接在一个电脑虚拟的空间里，这就是最初的MATRIX系统。
在这个系统里，人类是生活在完美的世界上，所有欲望和需要都被满足，机器人以为这样的系统可以使人类长久的生存。
但是对人的情感世界缺乏了解的机器人错了，连接在这个完美世界里的人类电池大量死亡......
现在进入电影里的MATRIX世界，这里的MATRIX是模拟人类某个历史时期。
大多数人类并不知道自己生活在虚幻的世界里，但是这个虚幻的世界并不十全十美无懈可击。
在世界的某个角落里总是存在着一些或大或小的BUG（如动画版里小女孩发现的奇妙废弃大楼）。
还有人类中的某些特殊体质的个体似乎能超越系统的控制（动画版里超越体能极限的短跑高手）。
更有甚者一些程序和人类接触中有了自我意识，他们学会了逃避系统的删除。
这些难以估计后果的错误有可能导致整个系统的崩溃，对此早期的MATRIX是用亡羊补牢或对知情者灭口的消极方式加以应对。
可是这样的运转模式显然无法长久，问题是会越积越多的，修补系统错误带来的可能是更多的错误，必须有一个方法定期对系统进行“大清洗“并重新启动。
这个计划的开端是设立ZION这个人类觉醒者的收容所，由于对人类觉醒者的杀戮往往导致更多人的觉醒。
与其如此，不如把这些觉醒者踢出系统，并且统一监管起来。
ZION与其说是人类自由的乐土不如说是一个大监狱，为什么这样说，要知道ZION是MATRIX派出的人建立的（位置MATRIX当然是早知道的）。
而这些人理所当然的成为ZION的领导层，所有人实际上是在MATRIX控制的人监管之
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