弥彦死后，长门成为了晓的首领，并使用轮回眼制出了尸体傀儡佩恩六道，弥彦的遗体被长门制作成为佩恩六道之中的天道佩因，用来统率晓组织。
后来，半藏被长门控制的佩恩六道所杀，从此长门支配了雨隐之村。
长门再次遭受失去重要之人的巨大打击，他意识到之前找到的答案根本就一文不值。认定只要在这个被诅咒的世界，不会有真正的和平，人与人是永远不会相互理解的，对和平的理解走上了极端。
于是长门和宇智波带土合作，计划收集尾兽，开发新的禁术，制造尾兽兵器，获得可以瞬间摧毁一个国家的力量，靠人类对那些痛楚的恐惧来抑制战争，以痛苦的方式引导世界，让世界走向安定与和平。
晓也因此改变了性质，从原来的雇佣兵组织变成了一个由S级叛忍组成的邪恶组织。
自来也为打探晓首领的情报，潜入了雨隐之村。之后见到了佩恩及小南，这才知道原来晓首领佩恩是自己第二次忍界大战末期在雨隐之村所收的徒弟——长门。
冷酷无情的佩恩已不再顾念师徒之情，师徒之战一触即发。自来也使出仙人模式，并召来两位蛤蟆仙人（深作及志间仙人）相助，成功打败了三个佩恩。但因之后不了解佩恩六道的能力，所以最终被佩恩六道打败而牺牲。
但最后自来也查出了佩恩六道及其本体的秘密（都是自己曾经遇到的忍者，佩恩六道均为傀儡忍者，受长门操控）。
三人感受着一切，那么真实，好像以后真的会发生。
这时，一道声音让记忆粉碎“这就是你们的过去和近期会发生的，现在看看未来的你们吧，”
四周的记忆迅速切换着。记忆中的
佩恩和小南一起袭击木叶捕捉九尾人柱力——漩涡鸣人。修罗道、畜生道、饿鬼道分为诱敌组；天道、人间道、地狱道和小南为探索组，开始了袭击。
在用人间道得知了鸣人在妙木山后，控制天道来到木叶上空，然后用畜生道将修罗道、人间道、饿鬼道、地狱道还有小南通灵到木叶村外，不惜以缩短寿命的代价，执意使用了神罗天征将整个木叶隐村摧毁！
之后佩恩六道与从妙木山赶回来的漩涡鸣人交战。佩恩六道被漩涡鸣人逐个击败后，鸣人在小南用纸制作的一棵大树里找到了佩恩的本体——长门。
鸣人想要知道长门的过去，并想从长门的经历找出和平的答案。
长门将父母之死及挚友弥彦之死一生两大痛楚向鸣人讲述后，鸣人拿出了自来也写的第一本书《毅力忍传》。
《毅力忍传》的写作灵感来源于自来也的一个弟子，这个弟子正是长门。
经过一番谈话后，长门被鸣人所感化，重拾少年时期的梦想，放弃和宇智波带土的原定计划。
长门用外道·轮回天生之术复活了在佩恩一战所死之人，将自己的意志托付给了鸣人，期待鸣人能够完成《鸣人物语》，最后耗尽查克拉无悔地死去了。
“这就是你们现在实行的任务，结果你们看到了吧，接下来就是结果了”佐助的轮回眼释放出妖异，四周记忆碎片渐渐拼接在一起。
画面内，小南用纸包好长门和弥彦的遗体，送给鸣人一束希望之花“，是表示木叶和雨隐的结盟，并且将弥彦和长门的梦想托付给鸣人，脱离“晓”，带着两人的遗体，回到雨隐村。
数日后在雨隐村内，小南遇到正在准备回收轮回眼的“面具男”，并被索问轮回眼所在。为了保护长门的遗体，小南与“面具男”战斗。
小南事先对“面具男”的忍术进行了深入的研究，做了充分的准备。在成功炸断“面具男”右臂后，小南发动了秘术神之纸者之术，使“面具男”陷入事先准备好的六千亿张起爆符中，纸山纸海，浩浩荡荡，准备将“面具男”炸死。
“面具男”准备将自己吸收至异空间逃脱，但由于吸收时身体必须实体化，而且吸收自身的速度比较慢，小南趁“面具男”吸收自身之时迅速在“面具男”身上贴上起爆符引爆。
“面具男”不得已只好放弃吸收转为虚体化躲过爆炸，但虚体化只可维持五分钟左右，而小南的六千亿张起爆符可爆炸达十分钟。
“面具男”迫不得已只好动用移植来的左写轮眼，发动了宇智波一族的究极禁术——伊邪那岐，将所有爆炸变为虚幻。在小南以为“面具男”已死之时，“面具男”从背后用黑棒刺中了小南。小南奋力攻击“面具男”，结果完全不敌。
“面具男”对奄奄一息的小南发动幻术，得知了长门尸体所在，成功夺取轮回眼，而小南则香消玉殒。
小南临死前回忆了小时候三个人和自来也老师一同生活的往事，最后带着微笑死去。
“这就是你们的未来”四周幻境突然消失。
三人看完了结局后，内心充满惆怅，没想到最后自己的结果是如此。
长门看了看佐助“最后忍界结果如何?我们真的成功了吗”
“嗯，不过这次只能你一个
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来源4：feilu