【三日后晚上，阿笠博士家，星期一】“博士，今天灰原在家搞什么了？怎么没去上学？”柯南推门走进来问到。“新一！我正着急找你呢！”博士急忙跑过来把双手搭在了柯南肩膀上说到，“小哀昨天晚上就不见了，今天早上我到处都找不到她。中午的时候我才发现地下室有一封她留下的信，信封上说只有你才能看这封信，我就没敢拆开，留着给你看呢！”“什么嘛，她到底在搞什么啊……”柯南抱怨着拆开了这封信。
可刚刚一看信的内容，柯南直接大吃一惊。只见信上残残缺缺地写了几个笔迹潦草的字：滨崎……组织……危险……间谍……后天……小心……枪击……歪斜而潦草的笔迹在此停止。柯南却一脸惊恐的表情，他急忙问到：“博士，滨崎他今天去没去学校？”“这个啊……他早上确实来找过小哀，我说小哀生病了今天不能上学，就草草打发他走了。”博士想着回答到。“糟了，这次可真是坏了大事！要是这是真的并且他把情报带回去，那我和灰原就只有等死的份了！”柯南气急败坏地说着，跑回了侦探事务所。
【毛利侦探事务所】“小兰姐，抱歉今天回来晚了啊！”柯南脱下了外套，说到。“哦，这样啊。这没什么，倒是滨崎今天来找你了，我说你没在家，他就说让我转告你今天晚上光彦家集合。”小兰说到。“哦，那小兰姐我先走了。”柯南说着跑了出去。“喂！柯南你记得要在十二点之前回来啊！”小兰的声音在柯南的身后传来。【路上】夏夜的夜晚，群星璀璨。一轮明月驱除了一天的暑气，带着凉爽升到空中。夏夜的路灯下，传来了一阵急促的脚步声……可恶！要是他真是组织的人的话，那他们三个小孩的命不也一块搭进去了吗？我不能让这种事情发生，绝对不能！柯南一边想着，一边在路上飞奔。汗珠如大雨一般向下落，里面溶解的柯南此刻的焦急……
【晚上九点，光彦家】“真是的，柯南你也来得太慢了！”滨崎说到。“这个……由于路远耽误了点时间，你们找我来干什么啊？”柯南抹着汗问到。“我觉得今天灰原没来上学，推说生病这事是假的。我们今天午休的时候偷偷来监视，结果博士家除了博士自己，没有其他人。”光彦急促地把他们今天中午的侦查结果告诉柯南。“这个……”柯南说着，想到：可恶！他们有怎么会知道的？要是灰原失踪这事被他们盯上了，那他就能从搜查中杀掉我们所有人啊！“好，我们现在全员出动，去寻找灰原同学！”光彦说着从他的背包里倒出了五把手电筒。
【晚上十一点，米花博物馆】“呼……我们其他地方都找过了，就剩这座博物馆附近没找了！”步美抹着汗说到。“等一下，这座博物馆有点诡异！”滨崎说到，“你们看，它的后门没锁！”“什么？那里不就是上次基德犯案的时候选中的博物馆吗！”柯南惊讶地说到。“我们进去看看吧！”元太这一句话，一举戳中柯南的心。什么？如果组织在那里埋伏，我们不就是自投罗网—全部去送死吗？柯南咬着牙暗想。
【馆内】“柯南，这座博物馆好阴森啊……”步美不知不觉抓住了柯南的手臂。“没事，不会怎么样的。等一下，步美……”柯南说着吃了一惊，连忙回过身来，只见步美自从说完刚才的那句话就直接倒了下去。光彦，元太也随之倒下，幸亏只是麻醉针。可这事还没完，柯南的身后，响起了一声拉枪栓响。
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